주택을 취득할 때 먼저 취득세가 발생한다. 취득세는 취득한 날로부터 60일 이내에 관할 시군구청에 신고 및 납부해야 한다. 주택에 대한 취득세 등(농어촌특별세, 지방교육세 포함)은 전용면적 및 금액에 따라 취득 금액의 1.1%~3.5%만큼 과세된다. 취득세율(농어촌특별세, 지방교육세 포함)은 아래와 같다.

예를 들어 전용면적이 84㎡인 아파트를 9억 원에 매수할 때는 취득세가 2.2%이지만, 9.01억에 매수할 때는 3.3%가 적용된다. 매수자 입장에서 매수가격 결정 시 금액에 따른 취득세 차이가 클 수 있으므로 이를 잘 고려하여 결정해야 한다. 참고로 일반 토지나 상가, 오피스텔을 매수할 때는 4.6%의 취득세율 등이 적용되므로, 일반 주택 취득 시보다 높은 취득세율이 적용된다.

주택을 보유할 경우 재산세가 발생하는데, 재산세는 개별 주택으로 누진세율이 적용되며, 과세표준의 0.1%~0.4%로 매년 과세된다. 과세 기준일은 매년 6월 1일이므로, 6월 1일 이후 주택을 매수할 경우 그해 재산세는 과세되지 않는다. 이부분도 주택을 매수할 때 절세할 수 있는 중요한 포인트다. 가령, 올해 5월 30일에 주택을 매수했다면 올해 재산세를 과세하지만 6월 2일에 매수하였다면 올해 재산세는 과세하지 않고 내년부터 재산세가 과세되므로 재산세 부담을 일정 부분 줄일 수 있다.
또한, 종부세는 1세대 1주택자의 경우로서 공동주택가격 합계가 9억 원 초과 시 과세되며, 다주택자의 경우로서 개인별 공동주택가격 합계가 6억 원 초과 시 과세 표준의 0.5%~2%로 매년 과세된다. 종부세 역시 매년 6월 1일 기준으로 보유주택을 산정한다.
종부세는 개인별 공동주택가격 합계 6억 원 초과 시 과세된다. 부부 공동명의(5:5)로 주택을 보유하는 경우 공동주택가격 합계 12억 원까지는 종부세가 과세되지 않으므로 부부 공동명의를 통해 종부세를 절세할 수 있다. 또한, 준공공 임대주택으로 등록한 6억 원 이하 주택은 종부세 합산배제 대상에 해당하므로, 준공공 임대주택 등록을 통해서도 절세할 수 있다. 단, 준공공 임대주택으로 등록할 경우 8년간은 주택을 매각할 수 없고, 매년 임대료 5% 상한 제한이 있으며, 표준계약서를 사용해야 하고, 임대조건을 신고해야 하는 등 의무사항이 있으므로, 이를 잘 고려하여 등록 여부를 결정해야 한다.

주택 임대 시 부가가치세 면세 대상에 해당하므로 상가 임대와는 달리 부가가치세가 발생하지 않는다. 다만 주택의 임대 시 소득세가 발생할 수 있는데, 1세대 1주택자의 공동주택가격 9억 원 이하 주택의 임대소득은 비과세 대상에 해당되어, 소득세가 과세되지 않는다. 또한, 2주택자 이상의 경우 연간 임대소득이 2천만 원 이하인 경우 2018년 말까지 소득세가 과세되지 않는다. 또한, 전세금의 경우 3주택자 이상부터 과세되며, 2018년 말까지 국민주택(전용면적 85㎡ 이하)이고 기준시가 3억 원 이하 주택의 전세금은 제외하고 있다.
임대소득의 계산은 아래와 같다.

임대소득 = 월세 합계 X 12개월 + (임대보증금 합계 ― 3억 원) X 60% X 1.6%

또한 위의 내용을 간단히 표로 정리하면 아래와 같다.

간혹 전세의 경우 세금이 없다고 생각하기 쉬운데, 월세를 포함하여 위 기준에 초과할 경우 소득세가 과세될 수 있으므로 주의해야 한다. 또한, 연간 임대소득이 2천만 원을 초과할 경우 다른 소득과 합산하여 종합과세되므로, 생각지도 못한 세금 폭탄을 맞을 수도 있다.
즉, 임대 소득세 절세를 위해서는 연간 임대소득을 2천만 원 이하로 맞추는 것이 바람직하다. 또한 부부 공동명의인 주택의 경우 각각 임대소득세가 2천만 원이 넘지 않으면 과세되지 않으므로, 임대소득세 절세를 위해서 공동명의로 주택을 임대하는 것을 고려해볼 수 있다. 또한, 2019년 이후부터는 2천만 원 이하 임대소득에 대해서도 15.4%(지방소득세 포함)¹로 과세될 예정이니 유념해야 한다. 앞으로는 주택임대소득 신고를 빠뜨리지 말고 적법하게 신고하는 것이 향후 가산세 등 불필요한 세금을 줄일 수 있을 것이다.

주택 양도 시 발생하는 세금은 양도소득세이다. 양도소득세는 과세표준 구간별로 6%~42%까지 과세된다. 최근 세법개정으로 인하여 2018년도 양도분부터 과세표준 5억 원 초과분부터는 42%로 과세된다. 구간별 세율은 아래와 같다.

위 양도소득세액에 지방소득세 10%를 추가 납부하여야 한다.
양도소득세 과세 표준 계산 시 3년 이상 보유한 주택을 양도할 경우 양도차익에서 장기보유특별공제를 10% 공제하며, 보유 기간별로 최대 10년 이상 보유 시 30% 공제한 후 과세 연도별 250만 원을 공제한 후 산정된다. 참고로 2019년 양도분부터는 3년 이상 보유한 주택을 양도 시 장기보유특별공제를 6% 공제하며, 최대 15년 이상 보유 시 30%가 적용될 예정이다.
또한, 조정대상지역에 거주하는 1세대 1주택자가 9억 원 이하 주택을 2년 이상 보유 및 거주 후 양도 시 양도소득세가 비과세되므로 절세를 위해서는 1세대 1주택으로 양도하는 것이 매우 중요하다. 2주택자일 경우에도 기존 주택을 1년 이상 보유 후 새로운 주택을 취득한 경우로서 새로운 주택취득일로부터 3년 이내 기존 주택을 양도할 경우 2년 보유 요건과 거주 요건을 충족하면 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있으므로 이를 잘 유념하여 양도 시기를 결정하는 것이 바람직할 것으로 판단된다.
한편, 올해 4월 이후 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 경우 위 세율에 10% 중과되며, 장기보유 특별공제를 받을 수 없다. 또한, 올해 4월 이후 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 경우 위 세율에 20% 중과되며, 장기보유특별공제를 받을 수 없으므로 주의가 필요하다. 가령, 조정대상지역의 1세대 3주택자가 주택을 매각하는 경우 양도소득세 최고세율이 62%에 달하므로 생각지도 못한 세금을 부담할 수도 있다.
또한 여러 고객과 상담하다 보면 안타깝게도 양도 시기를 잘못 결정하여 1세대 1주택 비과세를 받지 못하는 경우가 종종있고, 올해 4월 이후 조정대상지역에 해당하여 과다한 양도소득세를 부담해야 하는 경우를 종종 본다. 따라서 거래하기 전에 세무전문가와 충분히 상담한 후 양도 시기를 결정하는 것이 바람직하다.